رایج ترین کاربرد آزمایش مدفوع تشخیص انواع مختلف انگل های بیماری زا در روده است. افرادی که تحت آزمایش مدفوع قرار میگیرند، باید برای مدت ۷ تا ۱۰ روز پیش از انجام این آزمایش از درمان با روغن گرچک یا روغن های معدنی، بیسموت منیزیوم، ترکیبات ضد اسهال، تنقیه باریوم و مصرف آنتی بیوتیک خودداری نمایند. رعایت نکات زیر ضروری است: بهتر است این آزمایش در سه نوبت و هر روزه یا یک روز در میان انجام شود تا احتمال تشخیص انگل های روده ای بیشتر باشد. نمونه ی مدفوع به اندازه یک فندق یا بیشتر مورد نیاز می باشد. نمونه ی مدفوع باید مستقیماً در ظرفی که از طرف آزمایشگاه در اختیار بیمار قرار میگیرد، جمع آوری شود. اگر بیمار بستری است، نمونه را در یک ظرف خشک جمع آوری نموده و سپس با استفاده از چوب مخصوص (آبسلانک) نمونه را به ظرف برچسب دار انتقال دهید. نمونه ی مدفوع نباید به آب یا ادرار آلوده شود چون ادرار میتواند برخی از انگل های فعال را از بین ببرد. بیماران باید نمونه ی جمع آوری شده را خصوصاً در موارد اسهالی بودن نمونه سریعاً به آزمایشگاه انتقال دهند. اگر انتقال نمونه حداکثر تا ۳۰ دقیقه پس از جمع آوری نمونه امکان پذیر نباشد لازم است که نمونه در یخچال نگهداری شود
